建文四年六月，建文帝得知南京金川门失守，长吁短叹，想自杀以谢国人。翰林院编修程济说，不如出走流亡。少监王钺跪在地上提醒皇上，高皇帝升天之前，留下一个宝匣，并且交代说，如有大难，可以打开。
众人一起赶到奉先殿左侧，打开这个红色宝匣，但见里面有度牒三张，分别写着“应文”、“应能”、“应贤”，里面还有袈裟、僧帽、僧鞋、剃刀，以及银元宝十锭。第一张“应文”度牒写着：“应文从鬼门出，其余人等从水关御沟而行，薄暮时分在神乐观的西房会合。”程济立即为皇上剃去头发，换上袈裟、僧帽、僧鞋。吴王教授杨应能表示愿意剃度，随帝流亡；监察御史叶希贤毅然说，臣名贤，无疑就是“应贤”，也剃度改装随从。当时在殿上的五六十人痛哭流涕，都表示要随从流亡。建文帝说，这么多人一起行动，势必引起怀疑，决定由九人陪他前往鬼门，在神乐观乘船至太平门。少顷，杨应能、叶希贤等十三人赶来。一行二十二人开始了流亡生涯。
建文帝交代，今后互相以师弟称呼，不必拘泥君臣之礼。兵部侍郎廖平建议，随从不必多，更不可多，挑选没有家室之累又有膂力五人足够，其余遥为应援。当场决定杨应能、叶希贤称为比丘，程济称为道人，这三人左右不离建文帝；其余六人往来道路，运送衣食。
第一站来到吴江县的史彬家中。八月十六日，建文帝与两位比丘、一位道人同行，其余人等星散。十月，来到襄阳的廖平家。获悉跟踪者也已到此，大家商议后便决定前往云南。明成祖派遣户科都给事中胡前往西南地区，打着探寻道教宗师张三丰（即张邋遢）的幌子，其实是为了侦查建文帝的下落。消息传来，建文帝决定遁迹深山。
永乐八年三月，工部尚书严震以出使安南（即今越南）的名义，至云南秘密探访建文帝的踪迹。某一天，严震偶然在云南道中遇到建文帝，两人相对而泣。建文帝问他：你准备怎么处置我？严震回答：皇上请便，臣自有办法。夜间，严震自缢于驿站。建文帝见踪迹暴露，再次躲进白龙山。长期的野外生活，使得他身心疲惫，颜色憔悴，面容枯槁。到了夏天，又患上痢疾，但因害怕被发现，不敢出山觅食、求医，狼狈到了极点。这时史彬等三人赶来，境况顿时改善。几天后，三人离别，抱头痛哭一场。建文帝交代，今后不必再来，一则道路艰险，二则关津盘查严密。
永乐十年三四月间，一直随从建文帝的杨应能、叶希贤相继病逝，建文帝收了一名弟子，赐名“应慧”。永乐十四年六月，建文帝足疾发作，程济进城觅药，才得痊愈。这使建文帝感到危机时时迫近，便口述流亡的经过，由程济笔录，写成《从亡传》，建文帝亲笔写了序言，命程济藏于山岩中。
此后几年，建文帝奔走于云南、贵州、四川之间。永乐十八年十月，在程济的陪同下，建文帝登上了峨嵋山，赋诗一首，其中两句为：“登高不待东翘首，但见云从故国飞。”流露了他此时此地思念故国的复杂心情。永乐二十二年二月，建文帝东行。十月，在旅店遇到史彬。史彬关切地问起道路起居，建文帝说：近来强饭，精爽倍常。于是同史彬下江南，回到吴江史彬家中。
这时史彬的从叔祖史弘从嘉兴赶来，在客堂见到老和尚，问史彬：大师从何而来？史彬不答。史弘把史彬拉出，说：此建文皇帝也。史彬矢口否认，史弘说我曾在东宫见到过，是我的救命恩人。史彬只得如实相告。史弘顿首后，哭泣着询问近况。建文帝说：赖各位从亡者给我衣食，得以周旋于险阻之间。二十年来，战战兢兢，今日想来，可以终老了吧！随后在史弘的陪同下，游览天台山，到宁波渡莲花洋。
匆匆间，成祖死，仁宗即位，不到一年，仁宗死，宣宗即位，十年后英宗即位。皇帝已经更换了好几个。政治环境的变换，是他再现真身的时候了。
正统五年（1430年），正在广西的建文帝对程济说，我决意东行。建文帝有文才，流亡中经常诗性大发而赋诗，最著名的一首就是：
流落西南四十秋，萧萧白发已盈头。
乾坤有恨家何在？江汉无情水自流。
长乐宫中云气散，朝元阁上雨声收。
新蒲细柳年年绿，野老吞声哭未休。
人们常说，诗言志。从这些诗中，不难体味到一位流亡皇帝的心灵呼声。巧得很，同寓所的一名和尚，窃得建文帝的诗稿，跑到思恩知州岑瑛那里，大言不惭地说，我就是建文皇帝！岑瑛大为惊骇，马上报告藩司。藩司下令把和尚与建文帝一并逮捕，飞章报告朝廷。当朝皇帝下诏：押解回北京。
皇帝命御史在宫廷中审讯，那和尚称：年九十余，且死，想葬于祖父陵墓旁。御史说：建文君生于洪武十年，现在是正统五年，当六十四岁，何得九十岁？后来查实得知，这和尚名叫杨应祥，钧州白沙里人。报告皇帝后，和尚被判处死刑，下锦衣卫监狱关押。
建文帝此时把实情告诉了御史，御史秘密上报皇帝，皇帝派曾经服侍过建文帝的老太监吴亮探望虚实。建文帝见到吴亮，脱口而出：你难道不是吴亮？吴亮说：不是。建文帝纠正道：我有一天在便殿就餐，吃子鹅，一片肉掉到地上，你手里拿着壶，趴在地上把它吃掉了。还说不是你！吴亮伏地大哭。他知道建文帝左脚趾有黑子，查看后果然，想不到几十年后能够见面，痛哭流涕，不能仰视。
于是，皇帝下令把建文帝迎入宫中西内养老，宫中人都叫他“老佛”。寿终正寝后，葬于西山，不封不树。因为很难给他一个名分，所以成为一座无名墓。
以上是野史根据传闻描绘的一段失落的史事，建文帝生死之谜，在几十年以后，终于有了一个真相大白的结果。
由于建文时期的档案史料已被销毁，《明成祖实录》又充满谎言，已经难以核实其正确性究竟有多少。因此清代学者颇多怀疑，例如万斯同在《明史稿· 史例议》中就说：“明代野史之失实，无有如建文逊国一事。”乾隆时正式出版的《明史》，卷四惠帝纪，在写了建文帝焚死之后，又加上“由地道出亡”一段文章，依然是一团迷雾。因此现在要确切考证建文帝的下落，犹如雾里探花，那只好仁者见仁智者见智了。
